Hos hundar och katter som uppvisar kliniska tecken på AFR (”Adverse Food Reactions”, det vill säga foderallergi eller foderintolerans) kan ett monoproteinfoder användas som diagnostisk metod eller som långvarig behandling. AFR orsakas ofta av proteiner och en monoproteinkost kan därför hjälpa till att begränsa exponeringen för potentiella allergener, vilket gagnar hundar och katter som lider av allergier eller intoleranser.
Profylaktisk användning av foder med en enda proteinkälla, som följaktligen begränsar kroppens kontakt med en mängd olika proteiner, kan leda till rubbningar i den normala reaktionen i kroppens naturliga skyddssystem. Hos friska hundar och katter finns det därför inget behov av att begränsa proteinkällorna i fodret, så länge hunden eller katten får en komplett och balanserad kost.